PPPoE desconectando no mikrotik, todas as interfaces desconectam por cerca de 1 a 2 segundos.

Depois de diferentes testes e formas que minimizaram o problema, consegui obter suporte da mikrotik, e pelo menos identificar qual interface esta gerando o problema.

Resposta original da mikrotik:

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From your last sent supout.rif files, it looks like traffic congestion continues on the Ether7 port (counter shows tx-queue-drop=534 966). The tx-queue-drop counter indicates that the port HW queue is overloaded, and this can lead port hang and trigger a mechanism that restores the service by restarting all ports. 

This counter can be seen from the CLI using the command:
/interface print stats-detail

You can try to set the mq-pfifo queue type settings and then check how it will work for this case. 
More detailed information about the queues types can be found at this link:
https://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual:Queue#Kinds
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Resposta traduzida da mikrotik:

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De seus últimos arquivos supout.rif enviados, parece que o congestionamento de tráfego continua na porta Ether7 (o contador mostra tx-queue-drop = 534 966). O contador tx-queue-drop indica que a fila de HW da porta está sobrecarregada e isso pode fazer com que a porta trava e acione um mecanismo que restaura o serviço reiniciando todas as portas.

Este contador pode ser visto na CLI usando o comando:
/ interface print stats-detail

Você pode tentar definir as configurações de tipo de fila mq-pfifo e, em seguida, verificar como funcionará neste caso.
Informações mais detalhadas sobre os tipos de filas podem ser encontradas neste link:
https://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual:Queue#Kinds
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Para identificar quais as interfaces estão causando o problema, basta executar o comando / interface print stats-detail e procurar as interfaces com a contagem tx-queue-drop elevadas

Também manipulei um pouco o comando para já filtrar e exibir a informação apenas das interfaces que contem esses erros: / interface print stats-detail where tx-queue-drop>0 dessa forma listando apenas interfaces com o erro.

Retorno do comando / interface print stats-detail where tx-queue-drop>0

Outro detalhe importante é que ao mudar o equipamento para outra RB o problema passou a aparecer em outra rb, o que indica que isso esta relacionado não a porta da rb com o problema, mas sim no que esta conectado a essa porta.